20世纪50、60年代，全科工作人员仅22人，药师仅4位，制剂室由太平房改建，条件简陋。70、80年代，全科工作人员58人，药师11位。1976年之后陆续有陆璆、余志达、张美佐、刘瑞等人赴南也门医疗队工作。1979年由卫生厅调拨3万元，新建大输液制剂楼（现干部病房食堂），建立了药品质量检验室。90年代，全科工作人员90余人，药学专业人员占主导。

1991年，倪汶、张美佐主持设计新制剂楼工程于1993年完工，1995年投入使用，生产灭菌制剂与普通制剂50多个品种，年产值500万元。1992年，由颜传珍等设计完成“药库药品计算机管理”系统，代替药库手工做账。1993年，鲁义东、吴正红参与筹建治疗药物监测室（TDM），开始临床药学工作，监测血药浓度，实现个体化给药。1996年，成立科资料室，出版《医院药讯》为临床提供药学信息和咨询服务；建专家门诊西药房和分院住院西药房。1998年7月，门诊中、西药房由简易平房搬至新建11层门诊大楼三楼。

参与科技部2000年重大项目《中华中药全书》（电子版）部分编写工作和安医大药学系本科教学工作。2001年由张平、李绍平主持建立临床药学研究室。近几年共完成省级科研课题6项，新药研制3项，年发表论文10余篇；2005年5月住院部中、西药房搬到内科医技综合楼一楼；2006年1月药剂科获合肥市规范药房称号。