心胸外科起初与大外科合并在一起，位于老外科楼，作为一个专业组，偏重于食管癌、肺癌及有关简单心脏疾病的手术，科室负责人傅律明；1954年成立单独的胸外科，文化大革命期间受到冲击而中断；1970年重新挂牌，与整形科、脑外科同在一个病区，1990年成立独立病区，搬入500张病床大楼6楼西侧，设30张床位，马贻缙任科主任；1995年医院成立分院，胸外科在分院又设立一个病区，开设病床34张；2001年胸外科分成心脏外科和普胸外科2个专科，将原分院病区作为普胸病区，原住院部病区作为心脏外科，周汝元任心脏外科主任，于在成任普胸科主任。

    1978年起开展体外循环心内直视手术，1979年起在安徽省内率先开展经腋下切口治疗胸腔出口综合症（TOS）、非经胸食管内剥脱术治疗食管贲门癌及胸膜外入路治疗小儿动脉导管未闭。1984年开始人工心脏瓣膜置换手术，1998年获省科委基金项目:CABG动物实验及临床应用研究。2002年开始冠状动脉搭桥术，2003年开始胸主动脉瘤的人工血管置换术。其中冠脉搭桥、大血管置换、复杂先心病矫正及重症心脏瓣膜病手术治疗属省内领先，国内先进行列。也是我省唯一一家心脏外科手术年例数超过300例的医院，其中冠状动脉搭桥、人工血管的大血管置换术，目前全省仅我院能独立开展。

    近5年来，心脏外科在科教研方面取得长足发展，学术水平不断提高，如2000年省教育厅基金项目:微创CABG临床应用基础研究，2001年省十五攻关课题:川芎嗪对冠状动脉内皮细胞保护及CABG术后血管再狭窄的防治作用的研究，2001年省教育厅基金项目:体外循环围手术期黏附分子变化及干预性治疗、肝素、氨茶碱对老年肺癌围手术期血液流变学影响的研究，2002年省卫生厅基金项目:川芎嗪协同一氧化氮治疗肺动脉高压的研究、小开胸非体外循环下冠状动脉搭桥术的研究、川芎嗪对胸部肿瘤围手术期血液流变学的影响及临床意义的研究，2003年省教育厅基金项目:新型人工心瓣膜的研制及应用、电子心脏在心外教学中的应用研究，2003年省自然科学基金项目:内皮细胞生长因子基因诱导缺血心肌血管新生的研究，2004年省卫生厅基金项目:NO吸入协同川芎嗪在先心高压病人的应用研究，2005年省教育厅基金项目:人同种血管库的建立等。