20世纪80年代末、90年代初，国内的风湿病专业刚刚起步，我院于1990年就设立了类风湿关节炎专科门诊；1992年了成立临床免疫研究室，由当时的大内科主任、内分泌科主任医师孙桂华教授负责，日常工作由徐建华担任。面对没有病房，没有任何设备，只有一间门诊用房的客观条件困难，科室一班人艰苦创业，认真对待每一个就诊病人（当时每天门诊仅数人），对一些行动不便的类风湿关节炎患者，主动上门到患者家中提供服务。靠着这种精神和良好的服务逐渐赢得了声誉，吸引了大批的患者应诊。1994年正式成立风湿免疫科（当时称为临床免疫科），徐建华担任科室副主任，并安排王芬到风湿科工作，在住院部有了一间房间作为实验室兼办公，建立了简陋的实验室；与此同时张锐同志由检验科调到风湿科实验室工作。由于没有病房，为解决一些重症患者的住院问题，在医院同意下，在合肥市第四人民医院借用几张病床联合挂牌建立风湿科病房。1996年分院成立，风湿免疫科有了8张病床，解决了患者住院问题。刘爽、徐胜前、帅宗文三位医师相继来风湿免疫科，科室人员也增加至6人。2000年在病人不断增加的情况下，病床数扩大至18张，朱庆云任护士长。2005年5月搬入内科医技综合楼18层，病床增至37张，成为独立病区，目前是国内条件最好的风湿免疫科病房之一。

1994年科室开展了隐性类风湿因子、抗核抗体系列检测。1995年由孙桂华教授牵头在安徽省内科学会中成立了安徽省风湿病学组，孙桂华教授任组长，并在全省范围内举办多次风湿病学习班及学术会议；1997年科室被认定为国家临床抗炎免疫药临床试验基地（现更名为临床药品试验与评价中心）；2001年获硕士学位授予权，导师徐建华，现培养风湿病学硕士研究生7人；2003年获安徽省卫生厅重点扶持学科；2005年参加内科学博士点申报获得批准。