1949年底上海东南医学院迁至皖北怀远县，附属医院也随之前往，当时就建立放射科。1951年8月科室随学院和医院由怀远县搬迁至合肥市，汪学仁主任负责放射科工作。早在1955年，放射科即与妇产科合作开展“子宫输卵管造影”，1963年，脑外科许建平医师与放射科技师颜大刚一起，设计研究制成“立体定向仪”，开展脑病治疗，尤其是对帕金森氏病的治疗起到良好作用，这项技术在全省尚属首创。1961年~1969年期间，钱瑞菱医师去北京宣武医院学习神经系统造影及影像诊断，包括小剂量气脑造影、脑血管造影、脊髓椎管造影，回来后与脑外科医师合作，开展了诸多卓有成效的工作。1960年干自强医师参加北京医院、协和医院高级医师学习班，后去上海胸科医院进修，回院后研究心血管疾病及开展心血管造影术。

1984年引进全省第一家ct机；1985年，科内首位硕士研究生王建华医师回科工作，在岛津1250ma大型x线机上开展心血管造影；1989年,放射科成立导管室，在省内率先开展介入放射学治疗，开展介入治疗肝癌。从而使放射科医师从疾病诊断走向临床治疗；1992年，引进省内首家mri；1996年，在省内率先建立介入病房，在内科分院设置床位6张，病房由李章钧主任负责，开展食管狭窄的支架成形术；1998年，引进当时华东地区最先进的1.5t超导mri；1998年，获硕士学位授权；2001年，引进计算机x线摄影系统（cr）和数字减影血管造影机（dsa）；2001年，影像医学专业硕士点正式开始招生；2003年，放射科被认定为安徽省第二批卫生系统重点学科；2004年，实现放射科国家级课题零的突破，获国家自然基金资助；同年获省科技进步二等奖；2005年，除mri以外，全科搬入内科医技综合楼，并引进华东首台64层螺旋ct。余永强主任入选安徽省有突出贡献的中青年专家。