1953年8月，安医附院病理科正式成立，为安徽省首家病理科。

1953年9月1日，王寿昌副教授发首例病理报告。20世纪50年代，病理科设在学院病理教研室内，60年代初，为满足临床需要，病理学科分为两部分，临床病理部分搬到医院，教研室教学部分放在学校。病理学科一直为双重领导，医院病理科为附属医院领导，病理教研室为学院领导，医院病理科工作人员由学校病理教研室轮流来医院承担，这种体制自60年代开始一直保持至今。

文革期间，因学校停课、医院下迁，病理科工作曾一度中段，在此期间，郑国豪老师整理、收集并制作了大量教学标本和切片，为以后的病理学教学作出了重要贡献。1970年，学校开始招收三年制医学生，同时恢复病理学教学，医院病理科工作也开始恢复，郑国豪、杨光霖、汪发贵等老师先后负责病理教研室和病理科日常工作。

1978年，获首批硕士学位授予权，同年科室招收首届硕士研究生2名。1981年，举办首届病理医师进修班，到20世纪90年代，已先后举办五期病理医师进修班，为全省培养120余名临床病理医师。1985年，学科被国家教委批准为全国助教进修班培训基地，并先后举办2届全国助教进修班（研究生课程班），为全国各高等院校培养60余名助教。1985年，以本学科专家教授为主要成员创办的面向全国发行的、我国第二本病理杂志《临床与实验病理学杂志》，郑国豪教授任主编。1989年，孔锡鲲教授主编《病理学》协作教材由上海科技出版社出版。

1993年10月，龚西騟教授等主编的《临床实用肿瘤病理学彩色图谱》由安徽科技出版社出版。1996年12月，由龚西騟教授和浙江医科大学徐英含教授共同主编的《病理学》教材由人民卫生出版社出版。1997年10月，安徽省临床病理质控中心成立，挂靠在安医附院病理科，龚西騟教授任主任。1998年，龚西騟教授参加第五版《病理学》规划教材编写。2002年开办病理技术（专科）专业，首届招生50人。