1952年医院迁至合肥市，同时成立儿科专业，与内科合署办公。当时仅有陈卓人、朱子杨等儿科医生负责儿科门诊和病房工作。1954年成立儿科病区，1958年设置床位36张，医生增至16人。1959年成立儿科教研室，陈卓人任教研室主任。1965年儿科床位扩展到50张，医生增加到21人。文化大革命开始直到1971年，儿科门诊病房工作恢复正常。1979年开始恢复住院总医师制度，床位增至60张，医师达到25人。1989年儿科迁至十层病房大楼九楼，分东西两病区，共设床位70张。1994年成立新生儿科，床位15张，陆文燕为第一任新生儿科主任。同时扩大了实验室，并建立了高压氧、电子胃镜等器械检查室。2005年5月成立安徽省小儿神经康复中心，唐久来为中心主任，其他8个亚专业整体迁入内科医技综合楼，形成4个病区，设置床位177张及一日观察病房60床位。