1989年，外科病房大楼落成，普通外科由原来的2个病区扩大为3个病区，即三东、三西、四东病区。三东病区设病床39张，李祖蔚为病区主任，现病区主任由普通外科主任耿小平担任；四东病区也设39张病床，由王光升任病区主任，现病区主任由外科教研室主任刘弋担任；三西病区设病床32张，病区主任为吴又，现病区主任由孟翔凌担任。

 1992年，成立重症监护室（ICU），由王光升负责。三年后，转由麻醉科管理，先后由吴蓉蓉、张健和黄葆泉担任过科主任。1999年起，重症监护室重新由普通外科管理，由耿小平兼任主任，罗晓明担任副主任，接收了大量复杂、疑难、高危病人，为挽救外科危重病人的生命起到了积极而有效的作用，得到了全院医护人员和病人的一致好评。

 1994年，随着附院分院的成立，普通外科在分院大楼的八楼又新增设了1个病区，设病床36张，由当时的普通外科主任王光升负责，很好地缓解了病人住院难的实际问题，创造了良好的社会效益。随后按照安徽省卫生厅的要求，该病区已经成为普通外科的正式设编科室，现由宋海屏担任病区主任。

 2005年，成立器官移植中心，病区设在干部保健中心大楼三楼，共27张病床，由耿小平兼中心主任。该中心已经成功开展同种异体活体肝脏移植术10余例，并承担了安徽省“九•五”重大科技继续攻关项目，为今后临床实施多器官联合移植奠定了坚实的基础。

 2005年下半年，乳腺外科成立，病区设在分院大楼二楼，现有18张病床，由王本忠担任病区主任，并建立了乳管镜检查室，为乳腺常见病提供了良好的研究和临床工作基地。

 总之，自改革开放以来，普通外科与全国著名大医院的同行一样，有了飞速的发展，开展了许多新手术，使疾病诊疗技术和科研能力与国内同级医院处于相同的技术水平，在省内处于领先地位。