1952年，医院由安徽怀远迁至合肥市，改名为安徽医学院附属医院，内科设定在原附属二院（现安徽省中医学院附院），先后有陈祖厘、赵荣准、丁之平等侧重于消化系病专业。1964年，内科自附属二院搬到附属一院1号楼（即原护校楼），并设立专业组，消化、内分泌和肾脏疾病病房设在一楼。1965年，赵荣准自南京鼓楼医院进修回院后组建消化内镜室，并同丁之平、王梅芬、王文平等采用硬式或半曲式胃镜进行上消化道疾病的诊治。1975年科室引进纤维胃镜。

1978年各专业组独立分床，有夏爱玉、赵荣准、丁之平、 刘志杰、林惠珍、陈慎实从事消化专业工作。1979年刘志杰自南京鼓楼医院进修回院后开展双人操作法结肠镜检查，陈佩芬担任助手。1980年以后，徐宜楠、许建明、胡乃中、谢惠君先后加入消化专业。1984年科室引进电子胃镜。

1989年，内科由护校楼迁入十层病房大楼，内科消化专业组正式更名为消化内科，病区设在十层病房大楼七楼西边，开设病床31张，由丁之平任主任，陈慎实任副主任。在丁之平、林惠珍、陈慎实、徐宜楠、许建明等历任科主任的带领下，消化内科发展进入快车道，取得了一系列成果和荣誉。1996年获批国家临床药物试验基地，1998年获批硕士学位授权点，2002年开始招收老年消化病学博士生，2005年牵头申报获得内科学博士学位授权点。2002年、2003年、2004年和2005年，消化内科先后被批准为安徽省重点学科扶持单位、安徽省临床医学重点学科、安徽省高校省级重点实验室和安徽省重点学科。

2005年5月，消化内科病房搬迁到内科医技综合楼13层和14层，病床扩增至72张。内窥镜室搬迁到内科医技综合楼5层，形成了诊疗室和消毒室分开的规范化内镜诊疗环境，规范了内镜诊治流程。

2017年10月，安徽医科大学第一附属医院高新院区开诊，消化内科在5号楼16楼、17楼、18楼新开3个病区，开放床位162张；高新门诊2楼，新开消化内镜中心，占地5000平米；保留绩溪路本部14楼病区和内科楼5楼内镜室；至此，消化内科成为安徽省最大规模的消化专科，能够开展国家重点专科所要求的全部诊疗项目。