20世纪50年代末，大内科成立传染病隔离病房、传染病与流行病学教研组；1962年成立传染病科和传染病学教研室，当时设床位22张，后扩大至56张；2002年传染病科更名为感染病科，同年迁入新建感染病科楼，设三个病区、病床数102张。

1958年，诊断出安徽省首例流行性出血热。1962年在省内率先开展肝穿刺病理检查。1963年诊断出安徽省首例腺病毒肺炎。1964年成立传染病科实验室，主要开展细菌学方面研究。1973年在省内率先开展血吸虫合并乙型肝炎病毒感染的研究。1979年在省内率先开展乙肝病毒标志物血清学检测。1982年在安徽省首次开展弓形体感染的调查研究。1992年在省内率先开展丙肝抗体、HBV-DNA检测和鲎试验检测内毒素的研究。1997年省内率先开展HBV-DNA前C区变异的检测和研究。1999年省内率先开展非生物型人工肝治疗重型肝炎。2002年省内率先开展肝穿刺肝组织免疫组化检测。2004年受卫生厅委托建立安徽省细菌耐药监控中心。2005年开展HCV RNA实时荧光定量检测。2007年开展HBV DNA, HCV RNA基因型检测。2009年在省内首次开展HBV-P基因区变异性检测，此项检测技术有效的挽救了治疗的失败率。2010年开展国际标化乙肝五项定量检测。2011年在省内率先开展干细胞移植技术，并联合外科与介入科开展射频消融技术和胃冠状静脉介入栓塞术。2012年引进我省唯一一台Cobas TaqMan高精度病毒载量检测系统，使病毒定量的检测结果更具有国际权威性和可信度。

1964年8月协办全国首次传染病学术年会，江顺林任秘书长；1988年成立安徽省医学会传染病与寄生虫学分会，江顺林任主任委员（至1992年）、刘家琴任副主任委员（至2004年）；1994-2004年李宗寅任安徽省医学会肝脏病分会副主任委员、1996年任《疾病控制杂志》主编；1997年成立安徽省康复医学会病毒性肝炎专业委员会余鑫之任主任委员，2000年至2004年余鑫之任安徽省医学会肝病分会主任委员；1998年起李旭任中华医学会传染病与寄生虫分会委员、《中华传染病杂志》编委、安徽省医学会传染病与寄生虫学分会主任委员；1998年至2004年魏少峰任安徽省医学会传染病与寄生虫学分会常委兼秘书；2002年至2006年李家斌任中华医学会肝脏病分会委员；2002年起李家斌任《中华肝脏病杂志》编委；2003年李旭任《热带病与寄生虫学》副主编；2004年起魏少峰任安徽省医学会传染病与寄生虫学会副主任委员、秘书长，苏菲任常委、江晓平任委员，尹华发任安徽省医学会肝脏病分会副主任委员。2008年李家斌任安徽省医学会肝脏病学会常委；2010年李家斌任安徽省医学会康复医学会肝炎与细菌感染学会主委；2011年李家斌任安徽危重病医学分会第二届副主委；2012年李家斌任中华医学会微生态学分会委员会委员，安徽省医学会感染病学会候任主任委员；2013年李家斌任《中国实用内科杂志》副主编。

1985年联合招收第一个硕士研究生，2000年学科获硕士学位授予权；2002年获安徽省卫生厅临床重点学科，2003年成为教育厅重点学科。2003年获本学科第一次安徽省科技进步二等奖（余鑫之等），2004年获得医院内首项国家自然科学基金（李旭等），同年李旭参加高等医学院校《传染病学》教材编写。2005年学科获博士学位授予权。2009年李家斌教授入选“新世纪百千万人才工程”国家级人选和安徽省学术和技术带头人，并成功申报国家自然科学基金4项。2010年李家斌教授参加国家级规划教材《传染病学》（案例版）和高等医学院校七年制《传染病学》英文版教材的编写。近年来，本学科已经承担国家自然科学基金项目10项、省自然科学基金项和省科技厅、教育厅、卫生厅课题10余项，共获得省级科学技术进步奖一等奖1项、二等奖2项、三等奖3项，发表于中华系列、SCI期刊论文200余篇，主编、参编教材、专著10余部。