中医科成立于1954年，当时通过江苏省卫生厅聘苏州中国针灸学研究社的陆善仲先生任中医教研室主任兼附院中医科主任；1960年安徽医学院从上海中医学院附属医院聘陈保康任主任；1961年我省选派的第一批“西学中班”学生毕业，王猷宗等四人分配来中医科，加强了中医教研室的师资力量，并首开中医病床14张；1964年陈保康病故后改由王猷宗负责；1974年学院各教研室和临床各科室开始整顿、重建，恢复教学和医疗秩序。院党委任命黄建泰、屠佑生共同负责重组中医科及中医教研室工作，并开设中医病床34张。2002年医院任命干磊为中医科常务副主任，2008年转任中医科主任。

1958-1963间，中医科参加多项科研课题，如电针麻醉的临床应用，穴位特性的研究，针刺治疗高血压，中西医结合治疗外科急腹症、肠梗阻等，均取得一定成果。2004年至今承担国家级科研课题两项，分别为全国名老中医孔昭遐教授学术思想与临床经验传承研究、中医药治疗慢性硬膜下积血（液）的临床研究，2015年承担国家自热科学基金一项，省级科研课题两项。近年来，随着肿瘤患者的增加，开展中西医结合治疗肿瘤，取得了一定的成绩。