甲氨蝶呤联合得宝松关节腔注射治疗炎性滑膜炎；生物制剂（TNF拮抗剂、IL-6单抗等）治疗炎性关节病；甲氨蝶呤治疗类风湿关节炎疗效及不良反应的基因检测；类风湿关节炎心血管病变危险因素及其防治；小分子化合物（艾拉莫得、酪氨酸激酶抑制剂）治疗类风湿关节炎等。

2004年开展高频超声在关节炎、血管炎中的应用；高频彩色超声在各种关节炎诊断及鉴别诊断、治疗疗效中的应用；

脐带间充质干细胞治疗难治性自身免疫疾病；免疫抑制剂联合羟氯喹激素系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、干燥综合征等；系统性红斑狼疮合并妊娠的处理；结缔组织病肺间质病变的临床研究与防治；CD20单抗、环孢素A联合激素治疗SLE及结缔组织病重症血小板减少等难治性患者。2005年开展唾液腺核素检查在干燥综合症中的应用。

核磁共振在骨关节炎关节结构和软骨缺损中的应用；骨关节炎与肥胖的研究。糖皮质激素性及RA骨质疏松的诊断治疗与预防。

强直性脊柱炎遗传流行病学研究；生物制剂（IL-1拮抗剂）治疗痛风性关节炎；双源CT在痛风性关节炎的诊断中的应用等。