泌尿外科是1955年开始由李同度教授亲手创建的,当时将泌尿外科病人相对集中在一个泌尿外科治疗组，可以集中专病专治，是我院泌尿外科的前身。

1956年我院专门从上海聘请时任上海仁济医院院长、国际著名泌尿外科专家陈邦典教授来院任教，担任安徽医学院副院长分管科研兼任附属医院泌尿外科教研室主任。从此，我院泌尿外科正式从普外科独立，病床扩大到60张之多，当时属华东地区规模最大的泌尿外科之一，也在安徽省唯一的独立的专科，发展迅速、规模庞大、专用器械齐全，是安徽省泌尿外科的鼎盛时期。1957年开展肾脏部分切除术治疗复杂性肾结石，居全省前列。1958年开展全膀胱切除术+回肠膀胱术（Bricker Operation）。同年开展阴茎癌根治术+腹股沟深浅淋巴结+盆底淋巴结清扫术、全膀胱切除+直肠膀胱+结肠腹壁造瘘术。1963年以后陈邦典教授因高血压、心脏病在上海治疗休养，任命王克孝为泌尿外科副主任、外科总论教研组秘书，并开始主持泌尿外科临床和教学工作。1964年在全省开展首例全膀胱切除+直肠膀胱术（Lowsley-Johnson operation）。1965年9月，科室举办了第一次全省性“肠道在泌尿外科应用的专题论坛会”，会议由陈邦典教授主持，王克孝向参会者作专题学术报告，从此大大推动了全省各地“肠道在泌尿外科应用”的热潮，提高了泌尿外科同道的学术水平，活跃了学术氛围。

1966年开始由于文化大革命学校停课，医院关闭，除部分医务人员留守之外全部下放农村，直到1970年医院重建，成立大外科（无法分专科），王克孝负责筹建东外科。经过一年多的运作开始分组，重建泌尿外科，由王克孝和一位淮南建设兵团的进修医生（刘连仲）共同开展泌尿外科工作。 1974年底开展扩大的肾癌根治术，睾丸肿瘤+腹膜后淋巴结广泛清扫术，尿道上裂、膀胱外翻行耻骨劈开膀胱复位，上裂修补+括约肌重建等高难度复杂性大手术。1974年5月开展了肾癌（Wilm’s Tumor）伴腔静脉癌栓行腔静脉部分置换术。1974底我科开始人工肾的研制和临床实验研究，由王克孝等成员负责查阅文献，设计方案，借鉴法国Kolf、挪威的Kiil等人工肾的设计原理，在安徽省科委和院党委的大力支持下，与江淮仪表厂科技处、华东自动化研究所、上海橡胶研究所多方协作，共同开发。经一年半的时间，全国首家75-Ⅰ型Kiil型人工肾试制成功，并顺利通过动物实验，经卫生部科技处、省科委和我院党委组织鉴定合格后，成功应用于临床急性肾衰的抢救。后经过一年的不断改进，大大提高了自动化、安全性的水平，在全省成立了首家具有先进设备的人工肾室，抢救了一批急性肾衰、尿毒症患者。1976年，科室与放射科合作开展选择性肾动脉造影（Seldinger's 造影），为自体肾移植奠定基础。同年，在开展动物实验的基础上及时进行了肾血管性高血压自体肾移植术治疗，首例取得成功。在常规开展自体肾移植工作的基础上，着手作异体肾移植的研究和准备工作。1978年，“安徽75-1型平板人工肾的研制”获全国医药卫生科学大会奖。1987年在全省首家引进全套内腔镜包括经皮肾镜、输尿管软镜和硬镜、电切镜+汽化电切、尿道内切开镜。自1987年起在全省首家开展了经皮肾镜、输尿管镜手术、前列腺电切和尿道内切开术，临床治疗病例已超过3000多例，居全省之首，在国内亦居领先地位。1987年，石天凯从北京整形医院引进应用“阴囊隔血管蒂皮瓣一期正位修复尿道下裂”获得突破性成功。

1989年搬入十层病房大楼五楼，拥有32张病床，2005年随全院规模增加而成立泌尿外科二病区增加床位至62张。

1990年，组织召开全省腔内泌尿外科与体外冲击波碎石学习班。1993年，在国内外首次采用“多囊肾去顶减压+带蒂大网膜包裹术”治疗成人多囊肾，并取得满意的效果。1995年，引进经尿道SLC接触式激光切除前列腺。1995年，恢复同种异体肾移植并获得成功，大部分患者获得长期成活。1996年，引进经尿道前列腺汽化切除。2001年，获得泌尿外科硕士学位授予点，同年开始招生。2002年，开展腹腔镜、输尿管镜及汽压弹道和钬激光碎石等手术。